Hasil akhir pencernaaqn protein terutama berupa asam amino dan ini segera di absorpsi dalam waktu 15 menit setelah makan. Absorpsi terutama terjadi dalam usus halus berupa empat sistem absorpsi aktif yang membutuhkan energi, yaitu untuk masing-masing asam amino netral, asam amino asam dan basa, serta untu prolin dan hidroksiprolin. Absorpsi ini menggunakan mekanisme transpor natrium seperti halnya pada absorpsi glukosa.
Asam amino yang diabsorpsi memasuki sirkulasi darah melalui vena porta dan dibawa ke hati. Sebagian asam amino digunakan dalam hati, dan sebagian lagi melalui sirkulasi darah dibawa ke sel-sel jaringan. Kadang-kadang protein yang belum dicerna dapat memasuki mukosa usus halus dan muncul dalam darah. Hal ini sering terjadi pada protein susu dan protein telur yang dapat menimbulkan gejala alergi (immunological sensitive protein).
Sebagian besar asam amino telah diabsorpsi pada saat asam amino sampai di ujung usus halus. Hanya 1% protein yang dimakan ditemukan dalam feses. Protein endogen yang berasam dari sekrsi saluran cerna dan sel-sel yang rusak juga dicerna dan diabsorpsi.
Ekskresi protein
dikarenakan oleh suatu sebab, absorpsi protein mungkin tidak terjadi secara komplit. Beberapa jenis protein, karena struktur fisika atau kimianya tidak dapat dicerna dan dikeluarkan melalui usus halus tanpa perubahan. Di samping itu absorpsi asamamino bebas dan peptida mungkin tidak terjadi 100%, terutama bila fungsi usus halus terganggu, seperti pada infeksi saluran cerna atau kehadiran faktor-faktor antigizi seperti lestitin atau protein yang mencegah terbentuknya tripsin dalam makanan. Protein atau asam amino yang tidak diabsorpsi ini masuk ke dalam usus besar. Dalam usus besar terjadi metabolisme mikroflora kolon dan produknya dikeluarkan melalui feses, terutama dalam bentuk protein bakteri.