Proses pencernaan dimulai di mulut. Waktu kita mengunyah, gigi geligi memecah makanan menjadi bagian-bagian kecil, sementara makanan bercampur dengan cairan ludah untuk memudahkan proses menelan. Ketika ditelan, makanan melewati epiglotis, suatu katup yang mencegah makanan masuk trakea ke paru-paru. Makanan yang ditelan dinamakan bolus.
Esofagus ke lambung
Bolus kemudian melalui pipa esofagus masuk ke lambung. Dinding lambung mengeluarkan sekresi untuk keperluan pencernaan makanan. Pada pintu lambung ada spingter kardiak yang menutup setelah bolus masuk, sehingga makanan tidak kembali masuk ke esofagus. Bolus dalam lambung bercampur dengan cairan lambung dan digiling halus menjadi cairan yang dinamakan kimus (chyme). Lambung kemudian sedikit demi sedikit menyalurkan kimus melalui sfingter pilorus ke dalam usus halus, setelah mana sfingter pilorus menutup.
Usus halus
Pada bagian atas usus halus, kimus melewati lubang saluran empedu, yang meneteskan cairan ke dalam usus halus berasal dari dua alat, yaitu kantong empedu dan pankreas. Kimus kemudian melalui tiga bagian dari usus halus; duodenum (usus dua belas jari), jejunum (bagian usus halus sesudah duodenum sampai ke ileum) dan ileum (ujung usus halus), yang panjangnya kurang lebih 6 meter. Sebagian besar pencernaan diselesaikan di duodenum; jejunum dan ileum terutama berfungsi mengabsorpsi zat-zat gizi.
Usus besar (kolon)
Kimus melalui sfingter lain, yaitu katup ileosekal yang berada pada awal usus besar di bagian kanan perut. Kimus kemudian melewati lubang lain yang menuju apendiks (usus buntu) dan berjalan melalui usus besar naik (ascending colon), ke usus besar melintang (transverse colon) dan ke usus besar turun (descending colon) ke dalam rektum.
Rektum
Sewaktu kimus melalui usus besar dan menuju ke rektum, air dikeluarkan dari kimus sehingga terdapat sisa yang semi padat. Otot-otot rektum menahan sisa makanan ini hingga tiba waktunya untuk dikeluarkan dari tubuh. Pada saat itu otot rektum mengendor dan sisa makanan keluar melalui sfingter terakhir, yaitu anus yang membuka.