Bakteri adalah kelompok organisme yang tidak memiliki membran inti sel.[4] Organisme ini termasuk ke dalam domain prokariota dan berukuran sangat kecil (mikroskopik), serta memiliki peran besar dalam kehidupan di bumi. Beberapa kelompok bakteri dikenal sebagai agen penyebab infeksi dan penyakit, sedangkan kelompok lainnya dapat memberikan manfaat dibidang pangan, pengobatan, dan industri. Beberapa bakteri yang menguntungkan bagi kesehatan manusia yaitu sebagai berikut:
Bakteri saprofit menguraikan tumbuhan atau hewan yang mati, serta sisa-sisa atau kotoran organisme. Bakteri tersebut menguraikan protein, karbohidrat dan senyawa organik lain menjadi CO2, gas amoniak, dan senyawa-senyawa lain yang lebih sederhana. Oleh karena itu keberadaan bakteri ini sangat berperan dalam mineralisasi di alam dan dengan cara ini bakteri membersihkan dunia dari sampah-sampah organik.
Bakteri nitrifikasi
Bakteri nitrifikasi adalah bakteri-bakteri tertentu yang mampu menyusun senyawa nitrat dari amoniak yang berlangsung secara aerob di dalam tanah. Nitrifikasi terdiri atas dua tahap yaitu:
Oksidasi amoniak menjadi nitrit oleh bakteri nitrit. Proses ini dinamakan nitritasi.
Oksidasi senyawa nitrit menjadi nitrat oleh bakteri nitrat. Prosesnya dinamakan nitratasi
Dalam bidang pertanian, nitrifikasi sangat menguntungkan karena menghasilkan senyawa yang diperlukan oleh tanaman yaitu nitrat. Tetapi sebaliknya di dalam air yang disediakan untuk sumber air minum, nitrat yang berlebihan tidak baik karena akan menyebabkan pertumbuhan ganggang di permukaan air menjadi berlimpah.
Bakteri nitrogen
Bakteri nitrogen adalah bakteri yang mampu mengikat nitrogen bebas dari udara dan mengubahnya menjadi suatu senyawa yang dapat diserap oleh tumbuhan. Karena kemampuannya mengikat nitrogen di udara, bakteri-bakteri tersebut berpengaruh terhadap nilai ekonomi tanah pertanian. Kelompok bakteri ini ada yang hidup bebas maupun simbiosis. Bakteri nitrogen yang hidup bebas yaitu Azotobacter chroococcum, Clostridium pasteurianum, dan Rhodospirillum rubrum.
Bakteri nitrogen yang hidup bersimbiosis dengan tanaman polong-polongan yaitu Rhizobium leguminosarum, yang hidup dalam akar membentuk nodul atau bintil-bintil akar. Tumbuhan yang bersimbiosis dengan Rhizobium banyak digunakan sebagai pupuk hijau seperti Crotalaria, Tephrosia, dan Indigofera. Akar tanaman polong-polongan tersebut menyediakan karbohidrat dan senyawa lain bagi bakteri melalui kemampuannya mengikat nitrogen bagi akar. Jika bakteri dipisahkan dari inangnya (akar), maka tidak dapat mengikat nitrogen sama sekali atau hanya dapat mengikat nitrogen sedikit sekali. Bintil-bintil akar melepaskan senyawa nitrogen organik ke dalam tanah tempat tanaman polong hidup. Dengan demikian terjadi penambahan nitrogen yang dapat menambah kesuburan tanah.
Bakteri usus
Bakteri Eschereria coli hidup di kolon (usus besar) manusia, berfungsi membantu membusukkan sisa pencernaan juga menghasilkan vitamin B12, dan vitamin K yang penting dalam proses pembekuan darah. Dalam organ pencernaan berbagai hewan ternak dan kuda, bakteri anaerobik membantu mencernakan selusosa rumput menjadi zat yang lebih sederhana sehingga dapat diserap oleh dinding usus.
Bakteri penghasil antibiotik
Antibiotik merupakan zat yang dihasilkan oleh mikroorganisme dan mempunyai daya hambat terhadap kegiatan mikroorganisme lain. Beberapa bakteri yang menghasilkan antibiotik adalah:
- Bacillus brevis, menghasilkan terotrisin
- Bacillus subtilis, menghasilkan basitrasin
- Bacillus polymyxa, menghasilkan polimixin
Bakteri  menguntungkan dalam saluran pencernaan
- Lactobacilus acidophilus
- Lactobacilus casei
- Bifidobacterium bifidum
- Bifidobacterium langum
- Saccharomyces boulardii
Contoh Bakteri Jahat (Merugikan)
- Clostridium tetani, menyebabkan penyakit tetanus.
- Corynebacterium dipteri, menyebabkan dipteri.
- Staphylococcus aereus, menyerang saluran pernapasan.
- Streptococcus pyogenes, menyerang sistem pernapasan.
- Micrococcus gonorrhea, menyebabkan penyakit kelamin.
- Diplococcus pneumoniae, menyerang paru-paru.
- Klebsiella pneumoniae, menyebabkan penyakit pada saluran pernapasan dan paru-paru.
- Salmonella typhosa, menyebabkan penyakit tifus.
- Shigella shigae, menyebabkan disentri.
- Brucella abortus, menyebabkan abortus.
- Pasteurella pestis, menyebabkan penyakit pes.
- Hemophylus influenza, menyebabkan influenza.
- Flavobacterium dan Achromobacter, membusukkan telur
- Lactobacillus, membusukkan sayur-sayuran, buah-buahan, dan umbi-umbian.
- Staphylococcus dan Achromobacter, menyebabkan daging dan ikan membusuk.
- Clostridium botulinum, menghasilkan racun pada makanan kemasan.