Virus adalah parasit mikroskopik yang menginfeksi sel organisme biologis. Virus bersifat parasit obligat, hal tersebut disebabkan karena virus hanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi dan memanfaatkan sel makhluk hidup karena virus tidak memiliki perlengkapan seluler untuk bereproduksi sendiri. Biasanya virus mengandung sejumlah kecil asam nukleat (DNA atau RNA, tetapi tidak kombinasi keduanya) yang diselubungi semacam bahan pelindung yang terdiri atas protein, lipid, glikoprotein, atau kombinasi ketiganya. Genom virus akan diekspresikan menjadi baik protein yang digunakan untuk memuat bahan genetik maupun protein yang dibutuhkan dalam daur hidupnya.
Istilah virus biasanya merujuk pada partikel-partikel yang menginfeksi sel-sel eukariota (organisme multisel dan banyak jenis organisme sel tunggal), sementara istilah bakteriofag atau fag digunakan untuk jenis yang menyerang jenis-jenis sel prokariota (bakteri dan organisme lain yang tidak berinti sel).
Klasifikasi virus adalah proses penamaan virus dan menempatkannya ke dalam sistem taksonomi. Mirip dengan sistem klasifikasi yang digunakan untuk organisme seluler, klasifikasi virus adalah subjek perdebatan dan proposal yang sedang berlangsung. Hal ini terutama disebabkan oleh sifat virus yang semu hidup, yang berarti mereka adalah partikel yang tidak hidup dengan beberapa karakteristik kimia yang mirip dengan kehidupan, atau kehidupan non-seluler. Dengan demikian, mereka tidak cocok dengan sistem klasifikasi biologis yang ditetapkan untuk organisme seluler.
Virus terutama diklasifikasikan oleh karakteristik fenotipik, seperti morfologi, tipe asam nukleat, cara replikasi, organisme inang, dan jenis penyakit yang ditimbulkannya. Saat ini, dua skema utama digunakan untuk klasifikasi virus: Komite Internasional tentang Taksonomi Virus (ICTV) sistem dan sistem klasifikasi Baltimore, yang menempatkan virus ke dalam satu dari tujuh kelompok. Mendampingi metode klasifikasi luas ini adalah konvensi penamaan khusus dan pedoman klasifikasi lebih lanjut yang ditetapkan oleh ICTV.
Klasifikasi ICTV
Komite Internasional tentang Taksonomi Virus mulai merancang dan menerapkan aturan untuk penamaan dan klasifikasi virus di awal tahun 1970-an, sebuah upaya yang berlanjut hingga saat ini. ICTV adalah satu-satunya badan yang dibebankan oleh Persatuan Internasional Masyarakat Mikrobiologi dengan tugas mengembangkan, menyempurnakan, dan memelihara taksonomi virus universal.
Sistem ini berbagi banyak fitur dengan sistem klasifikasi organisme seluler, seperti struktur takson. Namun, sistem tata nama ini berbeda dari kode taksonomi lainnya pada beberapa poin. Sebuah titik kecil adalah bahwa nama-nama pesanan dan keluarga dicetak miring, [4] tidak seperti dalam Kode Internasional Nomenklatur untuk ganggang, jamur, dan tumbuhan dan Kode Internasional Zoologi Nomenklatur.
Klasifikasi virus dimulai pada tingkat keteraturan dan berlanjut sebagai berikut:
Order (-virales)
Keluarga (-viridae)
Subfamili (-virinae)
Genus (-virus)
Jenis
Nama-nama spesies sering mengambil bentuk virus [Disease], terutama untuk tumbuhan dan hewan yang lebih tinggi.
Pembentukan perintah didasarkan pada kesimpulan bahwa keluarga virus yang dikandungnya kemungkinan besar berevolusi dari leluhur yang sama. Mayoritas keluarga virus tetap tidak di tempat. Pada 2017, 9 pesanan, 131 keluarga, 46 subfamilies, 803 genera, dan 4.853 jenis virus telah didefinisikan oleh ICTV. Pesanannya adalah Caudovirales, Herpesvirales, Ligamenvirales, Mononegavirales, Nidovirales, Ortervirales, Picornavirales, Bunyavirales dan Tymovirales. Perintah ini menjangkau virus dengan rentang host yang bervariasi. Ortervirales (Kelompok VI dan VII), yang mengandung juga retrovirus (menginfeksi hewan termasuk manusia misalnya HIV), retrotransposon (menginfeksi hewan invertebrata, tanaman dan mikroorganisme eukariotik) dan caulimovirus (tanaman yang menginfeksi), adalah tambahan terbaru untuk pesanan sistem klasifikasi.
- Caudovirales adalah bakteriofag dsDNA (grup I).
- Herpesvirales mengandung virus dsDNA eukariotik yang besar.
- Ligamenvirales mengandung virus-virus archaean linear, dsDNA (kelompok I).
- Mononegavirales termasuk nonsegmented (-) strand ssRNA (Group V) tanaman dan virus hewan.
- Nidovirales terdiri dari virus (+) strand ssRNA (Kelompok IV) dengan host vertebrata.
- Ortervirales mengandung virus RNA dan DNA beruntai tunggal yang bereplikasi melalui DNA intermediate (Kelompok VI dan VII).
- Picornavirales mengandung virus ssRNA strand kecil (+) yang menginfeksi berbagai tanaman, serangga dan hewan.
- Tymovirales mengandung virus ssRNA monopartit (+) yang menginfeksi tanaman.
- Bunyavirales mengandung virus tripartit (-) ssRNA (Grup V).
- Variasi lain terjadi antara perintah: Nidovirales, misalnya, diisolasi untuk diferensiasi mereka dalam mengekspresikan protein struktural dan nonstruktural secara terpisah.
Klasifikasi virus berdasarkan struktur
Telah disarankan bahwa kesamaan dalam perakitan virion dan struktur diamati untuk kelompok virus tertentu menginfeksi host dari berbagai domain kehidupan (misalnya, bakteri tektivirus dan adenovirus eukariotik atau Caudovirales prokariotik dan herpesvirus eukariotik) mencerminkan hubungan evolusi antara virus ini. Oleh karena itu, hubungan struktural Di antara virus telah disarankan untuk digunakan sebagai dasar untuk mendefinisikan garis keturunan taksa berdasarkan struktur yang lebih tinggi – yang dapat melengkapi skema klasifikasi ICTV yang ada.