Ada beberapa penyakit yang disebabkan atau diakibatkan oleh adanya infeksi bakteri pada makanan. Beberapa diantaranya akan dijelaskan di bawah ini.
Tuberkolosis dan brucellosis (demma bolak-balik; undulant fever) dapat ditularkan melalui susu sedangkan sumber utama infeksinya adalah kelenjar susu sapi.
Demam tifoid dan paratifoid yang banyak berjangkit di negara berkembang seperti Indonesia kerapkali berhubungan dengan sistem pembuangan limbah yang buruk sehingga mengakibatkan pencemaran pada sumber air minum. Tiram dan jenis kerang-kerang lainnya dapat menjadi sumber kuman tifoid jika diperoleh dari air yang tercemar limbah manusia.
Botulisme merupakan penyakit yang serius dan kerapkali berakibat fatal. Penyakit ini terjadi akibat memakan toksin yang dihasilkan oleh clostridium botulinum. Bakteri ini terdapat dalam tanah. Sayur-mayur, buah-buahan, daging dan ikan merupakan bahana makanan yang mudah dihingapi kuman botulinum. Kuman atau bakteri tersebut memperbanyak diri dalam makanan tanpa adanya oksigen, dan toksinnya merupakan hasil dari pertumbuhannya.
Dalam keadaan yang kurang menguntungkan, clostridium botulinum akan membentuk spora dan dalam bentuk spora ini, kuman tersebut dapat bertahan hidup sampai keadaannya lebih memungkinkan untuk pertumbuhan. Toksin yang dihasilkan dapat dihancurkan oleh pemanasan tetapi sporanya bersifat tahan panas sehingga diperlukan suhu yang sangat tinggi untuk menghancurkannya.
Sebetulnya konsumsi makanan yang terinfeksi kuman botulinum tidak berbahaya apabila makanan tersebut dalam keadaan segar. Akan tetapi, pada makanan kalengan atau makanan yang dibotolkan tanpa prosedur sterilisasi yang baik, spora dapat bertahan hidup dan kondisi di dalam kemasan memungkinkan kuman akan tumbuh dan memperbanyak diri sehingga membuat makanan itu beracun.
Spora clostridium akan lebih tahan terhadap panas pada makanan yang tidak bersifat masam seperti wortel, buncis, kacang kapri, dan sebagian besar sayuran daripada dalam keadaan asam yang sering menyertai beberapa jenis buah-buahan.
Di Indonesia juga sering terjadi keracunan tempe bongkrek. Tenpe yang dibuat dari bungkil kedelai dan ampas kelapa ini mudah dihinggapi kuman pseudomonas coccovenans apabila prosedur pembuatannya kurang bersih. Kuman ini akan menghasilkan racun asam bengkrek yang menimbulkan keracunan serius dan fatal bagi yang memakannya.